Cercetător UMF, despre identificarea redusă a noilor tulpini de SARS-CoV-2 în România

Relu Cocoş, dr. biolog pr.genetică în cadrul Institutului de Pneumoftiziologie „Marius Nasta” și cercetător dr. UMF „Carol Davila” Bucureşti, a declarat pentru Sănătatea TV şi RoHealthReview că în afara mutațiilor pe care le suferă SARS-CoV-2 ca mecanism de evoluție, un alt mecanism important îl reprezintă procesul de recombinare genomică.

“Daca mutațiile reprezintă un proces de acumulare treptată, procesul de recombinare genomică schimbă brusc constituția genetică a virusului printr-un singur eveniment. Procesul de recombinare creează variante hibride prin schimbul reciproc de material genetic între doua variante genomice virale. În sine, este un fenomen prin care două virusuri înrudite pot genera, prin interschimburi de material genetic, noi mozaicuri genomice virale”, a explicat geneticianul.

Acesta a spus că în SUA, a fost raportată recent o variantă virală mutantă, rezultată prin combinația variantelor de SARS-CoV-2 apărute în UK și respectiv SUA.

“Noua variantă este de fapt un hibrid dintre varianta B.1.1.7 şi varianta mai puţin cunoscuta, B.1.429, identificată în California. Varianta hibrid prezinta deletia Δ69/70 din varianta B.1.1.7, care îi conferă virusului o transmitere mai mare, şi mutatia L452R din varianta B.1.429 care îi conferă o rezistenţă faţă de anticorpii neutralizanţi. Din fericiere, aceasta varianta hibrid a fost identificată la un singur individ”, a spus dr. Relu Cocoş.

Cercetătorul a precizat că procesul de recombinare poate apărea doar la un individ infectat cu ambele variante.

“Este posibil ca această variantă să fie un artefact de laborator deoarece recombinarea putea să se realizeze în vitro, în laborator”, a adăugat specialistul.

Costul per genom secvențiat, între 300 și 500 de euro. În România, numărul probelor secvenţiate, foarte redus

Referitor la situaţia din România, dr. biolog pr.genetică a spus că numărul probelor secvențiate pentru determinarea noilor variante de SARS-CoV-2 este unul foarte redus, principalul motiv fiind costurile ridicate, iar țara noastră ar trebui sa dezvolte un mecanism de supraveghere a diversității genetice a noului coronavirus.

Potrivit specialistului, costul per genom secvențiat variază între 300 și 500 de euro, în funcție de metoda utilizată.

“Dacă se va limita secvențierea doar la probele selecționate printr-o metodă proxy RT-PCR, nu vom putea cunoaște diversitatea variantelor SARS-CoV-2 și, mai mult, nu vom cunoaște procentul exact în populație al noii tulpini provenite din UK, deoarece rezultatul va fi viciat statistic. Mergând pe un procedeu de selecție orientativă, nu se vor putea face estimări corecte. În USA, s-a observat că la fiecare 10 zile se dubleză cazurile de COVID-19 cauzate de noua tulpină provenită din UK. De aceea, americanii au crescut rapid numărul probelor secvențiate de la câteva sute pe săptămână, la peste 2.200/săptămână, urmând să ajungă la peste 6.000/ săptămână. Am văzut că un laborator privat din România a vehiculat un procent de peste 10% din probele aleatoriu secvențiate pentru noua variantă genetică provenită din UK”, a explicat dr. Relu Cocoş.

„România ar trebui sa dezvolte un mecanism de supraveghere a diversităţii genetice SARS-CoV-2”

Astfel, acesta este de părere că având în vedere faptul că în Europa, procentul noii tulpini este mai mare decât cel de 3,6 % din USA, şi excluzând posibilitatea unei erori de eşantionare, şi România ar trebui sa dezvolte un mecanism de supraveghere a diversitatii genetice SARS-CoV-2.

În ceea ce priveşte costurile dr. Relu Cocoş a spus că pentru un genom secvenţiat, acestea sunt între 300 şi 500 de euro, în funcţie de metodă.

“Există metode care secvenţiază întregul genom SARS-CoV-2 sau metode care secvenţiază doar anumite gene din genomul virusului. Spre desosebite de metoda RT-PCR, care este o metodă ţintită pentru anumite regiuni genice din genomul viral, utilizată pentru a determina prezenta acelor regiuni ţintă în proba analizată, secvenţierea determină ordinea exactă a aproximativ 30.000 de baze azotate ce constituie întregul genom SARS-CoV-2”, a explicat cercetătorul din cadrul Institutului de Pneumoftiziologie „Marius Nasta”.

Acesta a precizat că secvenţierea necesită echipament mult mai scump şi personal ultracalificat, iar protocolul de lucru cuprinde, în mare, trei etape principale, respectiv:

1. reverstranscrierea şi prepararea librariilor (milioane de secvente de zeci de nucleotide care pot reconstitui ca un puzzle intregul genom viral),
2. secvenţierea propriu-zisă
3. analiza de date. Este un proces elaborat care necesită cunoştinţe temeinice de bioinformatică, care dacă nu este realizată corect pot conduce la generarea unei combinaţii eronate de mutaţii/genom şi deci la atribuirea incorectă a acelei variante.